Hayane, existe a operação triangular (venda à ordem - Art. 40, §3º, Convênio SN 1970) e a remessa para beneficiamento sem transitar pelo estabelecimento do adquirente (Art. 42 do Convênio SN 1970).
Na operação triangular (venda à ordem) existe uma venda para alguém e esse alguém já vende para outro e manda o fornecedor entregar nesse outro!
Veja o roteiro de emissão das notas no art. 40, §3º, citado aicma.
2) Na remessa para beneficiamento sem transitar pelo estabelecimento do adquirente alguém compra um produto e antes que chegue no estabelecimento pede ao fornecedor que entregue a um beneficiador (veja o roteiro de emissão das notas no art. 42 citado acima).
3) O seu caso particular não se enquadra em nenhum deles acima! O que temos é uma filial que quer beneficiar um determinado tipo de tecido, só que não tem autonomia para enviar diretamente ao beneficiador, antes, transfere para a matriz e essa é que envia para o beneficiamento.
Veja que aqui, em decorrência da política da empresa, somente quem pode enviar para o beneficiamento é a matriz e em decorrência os funcionários ficam se perguntando como emitir as notas fiscais a fim de se enquadrar na determinação da empresa.
O art. 11, §3º, II, da Lei Kandir, diz que os estabelecimentos do mesmo titular são autônomos!
Assim, transfira para a matriz. A matriz, por sua vez, após receber as mercadorias envia para beneficiamento.
Quando do retorno, o beneficiador emite nota fiscal para a matriz (e coloca no campo informações complementares o número da NF-e emitida pela matriz transferindo para a filial) e poderá entregar diretamente na filial (sem passar pela matriz).
Observe que no retorno, na prática, é uma operação triangular (ainda que atípica, mas como tem o mesmo raciocínio do artigo 40, §3º do Convênio SN 1970).
OBS. O correto seria uma consulta ao Fisco de SP a fim de respaldar sua necessidade. Nâo tem nada de errado no procedimento acima, contudo, é sempre bom estar respaldada pelo fisco local.