O ICMS integra sua própria base de cálculo, sabemos disso, art. 13, §1º, I, Lei Kandir.
O raciocínio desse supermercado, Joseane Ferreira, é o seguinte: imagine que você vá a uma loja e compre um saia ao custo de R$ 100,00 e que tem uma alíquota interna de 17%. O vendedor entrega pra você o produto, contudo, não lhe oferece o documento fiscal. Você procura o gerente e pede R$ 17,00 de volta, ou seja, diz que irá pagar apenas R$ 83,00 porque não foi emitido o documento fiscal. Nesse caso, você está correta, pois o ICMS está dentro dos R$ 100,00, como não foi dado o documento fiscal, não será pago R$ 17,00 ao Fisco, você pede de volta o mesmo!
Esse mesmo raciocínio o supermercado está aplicando ao MEI, alegando que não paga ICMS ao Estado. Aqui é um erro grosseiro, porque ao MEI não se aplica o raciocínio acima, ele tem um tratamento diferenciado, nem mesmo nota fiscal o MEI é obrigado (Art. 106, §1º, III, Resolução n. 140/2018 do CGSN). Esse supermercado está dando o mesmo tratamento fiscal aos demais contribuintes e o funcionário do setor fiscal está agindo com imperícia fiscal. Isso é apropriação indébita, art. 168 do Código Penal, denuncie!