O Estado da Bahia é signatário do Protocolo ICMS nº 46/2000, assim, caso receba esses produtos (trigo, farinha de trigo ou mistura de farinha de trigo a outros produtos) de Estados signatários o ICMS já é para chegar retido até o consumidor final (alcança os produtos resultantes).
Caso receba de Estados não signatários do Protocolo ICMS nº 46/2000, então, o responsável pelo ICMS é o destinatário, ver art. 373 do RICMS/BA).
Portanto, uma vez pago o ICMS do trigo, farinha de trigo ou mistura, não tem que pagar mais nenhum ICMS dos produtos resultantes (ver artigo 375 e 379 do RICMS/BA e cláusula décima primeira, §1º, Protocolo ICMS nº 46/2000).
2) Como devo fazer pra lançar esses paes no estoque?
RESP. Quanto ao estoque deverá ter uma planilha de produção, tipo, 1 saco de farinha produz X pães (geralmente os Fiscos saem com uma norma estipulando limites de fabricação).
3) e o trigo como vou informar que ele foi utilizado pra fazer pão?
RESP. Trigo não faz pão, quem compra trigo é o moinho e faz a moagem (transforma em farinha de trigo e farelo de trigo - 75% farinha e 25% farelo, ver Protocolo ICMS nº 20/2004).
Uma boa solução é pedir ao fornecedor da farinha de trigo que coloque nos dados adicionais da NF-e que o produto se destina ao fabrico de pães - matéria prima de pães. Assim, já terá um controle sem preocupações!