Prefeitura Pulando sequencial

Boa tarde senhores, sou desenvolvedor de sistemas e tenho alguns clientes e faço meu faturamento através da prefeitura de saquarema, que tem um sistema bem precário. Faço a transmissão das notas via arquivo RPS (xml) contendo 25 notas cada arquivo e sempre funcionou perfeitamente (quando o sistema da prefeitura estava operacional)
Nesse mês de fevereiro ocorreu uma situação diferente, fiz o mesmo procedimento que eu sempre faço e transmiti minhas notas, (que é relativamente grande no sentido de quantidade) e o sistema da prefeitura se perdeu na hora de fornecer o sequencial de notas, pasmem, vários blocos de notas simplesmente ficaram vazios quebrando totalmente o sequencial, blocos de 200 notas que simplesmente foram ignoradas pela prefeitura.
A pergunta é, qual o procedimento a ser adotado, uma vez que a numeração da nota fiscal de serviço NFSe é gerada automaticamente pela prefeitura e eu desconheço uma forma de invalidar esses blocos de nota?
Obrigado a todos pela atenção disponibilizada