Compra de matéria prima tributada no local da compra, mas ST no local da venda, o que fazer?

Indústria comprou matéria prima de São Paulo. Lá o produto é tributado, mas no Rio Grande do Sul, ele é ST. 
A empresa que vendeu à eles destacou ICMS e não pagou o ICMS ST. O que deve ser feito?
Recolher GNRE na entrada? Recolher ST na saída? O que faço?

Micael,

A ST é devida somente em casos de compras de mercadorias para revenda.
Sendo sua empresa uma indústria, se for utilizar a mercadoria no processo produtivo, não há o que se falar de ST, portando não será recolhido nenhum valor na entrada da mercadoria.
Caso o seu produto final seja sujeito a ST, a tributação será feita na saída.

Entendo, então dou entrada normalmente como 6201 e na venda emito como 5401, pagando o ST. Ok. Minha última dúvida, sobre a antecipação do ICMS, deve ser recolhida nesse caso? O produto veio a 12%.

Micaael,

Qual o NCM do produto?