Conforme o acordo entre você e o tomador do serviço no japão, quando concluir o serviço, você emite a invoice (fatura comercial). Diante da invoice o tomador no Japão irá pagar o seu serviço (já que você faturou).
Nesse momento, deverá emitir a nota fiscal de serviço para os fins contábeis, já que não tem ISS conforme artigo 2º, I, LC 116/2003.
Atenção, a Receita Federal precisa ser informada desse serviço VISANDO A ALTERAÇÃO DE SEU PATRIMÔNIO (evolução do seu patrimônio), dessa forma, precisa de um cadastro no SISCOSERV.
Segue link do Siscoserv:
http://www.siscoserv.mdic.gov.br/g33159SCS/jsp/logon.jsp
Obs. A invoice não é um documento fiscal (documento fiscal é a NFS-e), assim, não tem um modelo padrão, faça conforme a sua necessidade e diga nesse documento tudo a respeito do serviço (nome do exportador do serviço, do importador, preço, moeda acordada, etc.). Esse documento seguirá com a NFS-e.