Substituição Tributaria e Diferencial de aliquota para consumidor final

Tenho uma duvida:  se uma empresa de marcenaria, sediada em SP , que msó tem como atividade marcenaria, não tem comercio,  adquirir mercadoria para uso em feitio/reparo de moveis em outro estado ela deve pagar o diferencial de aliquota? 

bom dia,
tambem tenho uma dúvida,
temos um cliente RPA, e ele comprou uma mercadoria de uma empresa que é MEI, esta mercadoria é ST, mas o fornecedor (MEI) mandou com o CFOP 5101.
oque fazer?
att.