Emissão de Manifesto - Guia GNRE

Prezados bom dia, 

Gostaria do auxilio para a situação abaixo quanto a emissão de manifesto e recolhimento de impostos.

Transportador com sede na Bahia
Tomador/cliente com sede em São Paulo
Destinatário com sede no Ceará
Local da coleta - Paraíba.

Fomos contratados para fazer este serviço de frete, porém o cliente quer que a transportadora colete um material que foi faturado de uma empresa com cede na Paraíba. O tomador de serviço comprou o material na Paraíba e revendeu para o Ceará e  quer que o caminhão passe na Paraíba e pegue o material e continue a viagem para CE.
Como devo emitir o CTE, visto que fomos autuados no posto fiscal alegando que um material carregado na Paraíba não poderia sair com CTE de origem SP pois dessa forma o estado da PB não recebe o imposto da operação.

Lembrando que o tomador de serviço quer que a entrega seja feita com a sua nota fiscal, e não com a nota fiscal da fabrica da Paraíba.

A duvida é como emito a documentação de transporte de forma correta.

Pensei em emitir um manifesto da fabrica da Paraíba para o cliente em SP e outro de SP para CE, porém fui informado que um mesmo motorista não pode ter dois manifestos em aberto.

Qual o correto neste caso? 

Grande abraço e obrigado.

Que é isso? Bahia, São Paulo, Paraíba, Ceará e seu perfil é de Minas Gerais (kkkkkkk).

Vamos lá, então.
O correto seria a operação triangular (ver artigo 40, §3º, Convênio SN 1970), ou seja, o fornecedor paulista emitir NF-e e citar nesta nota o nome da empresa da Paraíba que irá remeter para o Ceará. A empresa da Paraíba, por sua vez, deveria emitir duas NF-e, uma NF-e de venda para São Paulo com destaque do ICMS (remessa simbólica - venda à ordem) e outra NF-e em nome do destinatário no Ceará sem destaque do ICMS (Remessa por conta e ordem de terceiro).
Não foi feito isso, simplesmente foi emitida a nota fiscal de São Paulo para o Ceará e mandou o transportador pegar na Paraíba e levar para o Ceará (isso não existe, está errado mesmo).

2) Como é uma transportadora da Bahia iniciando o serviço de transporte na Paraíba o ICMS transporte é da Paraíba (Art. 11, II, 'a', Lei Kandir). A cláusula terceira do convenio 25/90 determina o pagamento do ICMS frete antes de seguir viagem para o Ceará.
O CT-e deve ser emitido (cláusula terceira, §1º, convenio 25/90), não para fins de pagamento do ICMS, já que o ICMS deverá ser pago em documento de arrecadação da Paraíba (ou GNRE a favor da Paraíba). Esse CT-e não é para fins de ICMS, mas para registrar a receita ou fins administrativos da transportadora da Bahia.

3) Como é um transportador deverá emitir o MDF-e nos termos da cláusula terceira, I, do Ajuste Sinief 21/2010.