Maiara, você disse que o produto é isento do ICMS e vc não pode esquecer que o DIFAL É ICMS (LOGO ISENTO COMO VC MESMO DISSE).
Como a Telma falou, o DIFAL é a diferença entre as alíquotas internas e interestadual, ora, em Sâo Paulo a alíquota interna não é aplicada porque o produto é isento, assim, é como se ficasse assim: zero alíquota (pois é isento) - 12% (alíquota que vem do Rio Grande do Sul), portanto, zero - 12 = zero.
No mais, o próprio artigo 115, XV-A, 'A', RICMS/SP, diz claramente que o DIFAL é devido quando a alíquota interestadual é menor que a alíquota interna, contudo, em São Paulo não tem nem mesmo a aplicação da alíquota pois o produto é isento.
O fato é que o DIFAL é ICMS e o ICMS é isento, logo, não se fala em DIFAL NESSE CASO.