cte com tomador errado

Bom dia, amigos!
Minha transportadora simples nacional, localizada no ES, emitiu um  CT-e com MDF-e para um tomador de serviço da Bahia.
Porem, acabou errando os dados do tomador.
O tomador do serviço é contribuinte do icms na Bahia.
Minha transportadora não pode mais cancelar o conhecimento.
Neste caso como devemos proceder?

o tomador emite uma nf-e de anulação de serviço de frete e minha transportadora emite um ct-e em substituição?
Ou minha transportadora precisa emitir um ct-e de anulação  e apos isso um de substitução?
e como fica a questão do MDF-e?

Boa Tarde Kelly
Na sua situação não há necessidade de o tomador emitir uma nota fiscal de anulação de valores
conforme os procedimentos do Cláusula décima sétima-A do Ajuste 008/2017
O tomador do serviço registro o evento no CT-e
XV - Prestação de serviço em desacordo com o informado no CT-e, manifestação do tomador de serviço declarando que a prestação descrita do CT-e não foi descrita conforme acordado;
Após esse procedimento sua a transportadora emite um CT-e de entrada como anulação e posteriormente um CT-e Substituto.

FERNANDO BENTO 
Consultor Fiscal/Tributário
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Fernando, obrigada pela orientação.
Fiz esse questionamento a uma consultoria que temos aqui, e ela orientou que o tomador fizesse a nf-e de anulação, e após isso, meu transportador faria o ct-e em substituição.

Porem, o processo não deu certo.

Quando meu tomador foi fazer o ct-e em substituição, a sefaz exigiu que o tomador fizesse o evento de prestação de serviço em desacordo.

O tomador de serviço é do estado da Bahia, e estão dizendo que lá não tem essa função, não sabem como proceder para fazer esse evento.

Bom Dia Kelly
Em regra a CONFAZ e nem o Portal do CT-e, disponibilizou algum tipo de aplicativo para manifestação do CT-e
A orientação que converso com seu programador do seu sistema e repasse as regras de validação das paginas 28 e 29 do Manual_CTe_v3_00 (1).
Pois somente após registrar esse evento o prestador de serviço de transporte, pode emitir o CT-e de anulação e substituto.

FERNANDO BENTO 
Consultor Fiscal/Tributário
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Olá,
Caso ajude, recomendo consultar um artigo sobre o CT-e de anulação e substituto:
-O que é CTe de Anulação e CTe de Substituição e como emitir