CFOP 5929/6929

Bom dia colegas, tem um caso aqui no escritório que é o segundo mês que acontece. A empresa é do Simples Nacional, emite nota fiscal e redução Z. Quando o cliente solicita, ele emite a nota com CFOP 5929 e 6929. Mas às vezes, o cliente de outro estado pega a mercadoria nessa empresa (operação presencial), e o sistema de notas orientou que quando for assim é para colocar o CFOP 5929. Mas quando eu vou importar as notas pelo SEFAZ dá a mensagem: "CFOP inválido para cliente fora do estado."
Essa orientação que deram pra eles está correta? 
Desde já agradeço a atenção.

Esse erro deve estar dando porque o sistema está entendendo que foi uma venda interestadual e não presencial (considerada venda interna).

Entendi. E no sistema que uso não tem uma configuração que aponte Operação Presencial ou Não Presencial, então estou alterando o CFOP manualmente. Mas fico pensando que isso não daria problema? Pois no SINTEGRA vai estar errado.

Tenho uma situação parecida com mercadorias adquiridas por argentinos em um cliente.
Eles não possuem CPF, então o cliente emite o cupom fiscal e posteriormente emite a NF-e com CFOP 5.929 informando operação presencial. Essa foi a orientação que a SEFAZ/SC nos deu. A NF-e é autorizada sem maiores problemas, mas por não ser optante pelo Simples Nacional, não é devida a entrega do Sintegra.