Nota de venda emitida pelo cliente

Olá!

Veja a situação a seguir:

Uma empresa efetua uma venda de sucatas na sua empresa, porém, quem emite a nota fiscal é o cliente, a nota é gerada da seguinte forma: EMITENTE: Empresa B (comprador), DESTINATÁRIO/REMETENTE: Empresa A (vendedor), e o CFOP: 1102 (compras).

O problema é na escrituração, o sistema que a gente usa acusa divergência entre o cnpj do emitente e da empresa que esta dando entrada (como saída).

Alguém ja passou por essa situação? se puder me auxiliar a contornar isso agradeço.

Boa tarde,

A empresa que vendeu possui Inscrição Estadual? 
Se a resposta é positiva quem deve emitir a NF-e é o vendedor.
No caso que você menciona, o comprador está emitindo a NF-e de entrada para acertar o seu estoque, incluir a mercadoria no processo de produção (ou alocar em determinado setor). Neste caso, a NF-e não deverá ser escriturada pela empresa vendedora.

Cristiane,

É isso mesmo que você descreveu/detalhou, o comprador emitiu uma nota de entrada.

Agradeço sua colaboração, foi de grande valia. Sucesso!