Nota gerada em uma cidade e ISS pago em outra

Pessoal, estou com um problema bem atípico

Temos uma empresa em SP capital, porém, ela foi migrada para São Caetano. O contador fez a migração da empresa para São Caetano e não avisou que já havia feito, algumas notas foram emitidas nesse período pelo sistema, notas emitidas na prefeitura de SP. 

O pagamento do imposto do ISS foi feito normalmente, porém para São Caetano. Agora a prefeitura de SP está cobrando o ISS para realizar a exclusão da empresa do endereço IPTU do local e retirada dela de SP.

O que fazer nesse caso, alguma solução?

Rogério, boa noite.

Entendo que, nesse caso você deverá efetuar o recolhimento do imposto e depois entrar com processo administrativo junto a secretaria de finanças da cidade de São Paulo informando o que a situação de que a empresa já estava estabelecida em outro município quando infelizmente as notas fiscais forma emitidas.

Att. Bruno Borges Andrade

Caros amigos, 

Minha sugestão seria de tentar o cancelamento dessas notas já que foram emitidas de forma equivocada.
Um detalhe importante, débitos existentes não poder ser fato de impedimento para alterações cadastrais.