substituição tributária

Boa tarde
EEstou com uma dúvida; falo do Espírito Santo, uma empresa (açougue), compra boi para o abate de um produtor rural, que é isento de icms, porém quando o açougue for vender essa carne, ela será com substituição tributária e como não foi pago esse imposto anteriormente terá que ser calculado a guia separada. Como é calculado o icms referente as notas para a empresa poder vender com ST? 

Chayane,
Nos Estados que trabalhei com este tipo de mercadoria, cada um tinha uma legislação diferente. É meio complicado elucidar a sua dúvida, sem saber como o item é tratado em seu Estado.
Procura entender se existem benefícios fiscais de redução de BC, se pode ser feito algum tipo de compensação; em alguns casos quando não se credita o imposto na compra, pode existir algum benefício na venda.