No CT-e o remetente está como este fornecedor!
RESP. Correto, conforme art. 58-A, I, Convênio 06/89.
2) e o expedidor como outra empresa!
RESP. Correto, o expedidor é aquele que entrega a carga para o transportador. É muito comum ser um operador logístico ou mesmo outro transportador que está intermediando o transporte da carga.
3) e o CFOP do CT-e está como 6356 - Prestação de serviço de transporte a estabelecimento de produtor rural.
RESP. Certamente o tomador do serviço (quem contratou a transportadora) seja um produtor rural, pois nesse CFOP 6.356 são classificadas as prestações de serviços de transporte a estabelecimento de produtor rural.
4) Minha dúvida é, neste caso o CFOP da NF-e de venda não seria o 6120 - Venda de mercadoria adquirida ou recebida de terceiros entregue ao destinatário pelo vendedor remetente, em venda à ordem, o expedidor teria que emitir uma NF-e de remessa o destinatária (empresa que trabalho)?
RESP. O CFOP na NF-e tem que ser aquele indicado conforme a nota explicativa do CFOP. Por exemplo, CFOP 6.120, conforme Convênio CFOP, "classificam-se neste código as vendas à ordem de mercadorias adquiridas ou recebidas de terceiros, que não tenham sido objeto de qualquer processo industrial no estabelecimento, entregues pelo vendedor remetente ao destinatário, cuja compra seja classificada, pelo adquirente originário, no código “2.118 - Compra de mercadoria pelo adquirente originário, entregue pelo vendedor remetente ao destinatário, em venda à ordem”.
Obs. O expedidor não emite NF-e, o expedidor entrega a carga ao transportador, quem emite a NF-e é o remetente da carga (ver art. 58-A, I, convênio 06/89) e quem emite o CT-e é o emitente (ver art. 58-A, IV, convênio 06/89).
Obs. 2. Diga o que houve de fato, como foi a operação, então, poderemos analisar em conjunto a situação.