Toda alíquota hoje de um Estado para outro aplica-se a alíquota interestadual, conforme art. 155, §2º, VII, CF/88.
A mesma CF/88 no artigo 155, §2º, VI, diz o seguinte:
"VI -salvo deliberação em contrário dos Estados e do Distrito Federal, nos termos do disposto no inciso XII, "g", as alíquotas internas, nas operações relativas à circulação de mercadorias e nas prestações de serviços, não poderão ser inferiores às previstas para as operações interestaduais;".
Ou seja, conforme inciso VI acima da CF/88, regra geral (salvo raríssima exceção, caso exista em algum Estado com autorização de Convênio CONFAZ) as alíquotas internas são superiores às alíquotas interestaduais, portanto, sempre terá DIFAL. Como diz a CF/88 não podem ser inferiores, portanto, não pode dar DIFAL negativo.
O que pode acontecer é a alíquota interestadual ser igual à interna e nesse caso o DIFAL DARIA ZERO, portanto, não seria exigido DIFAL. Mesmo que exista alíquota interna menor que a interestadual, também, não seria devido DIFAL já que tinha dado negativo em decorrência das diferenças de alíquotas.
EM SÍNTESE; Caso algum Estado esteja autorizado a aplicar alíquota interna menor que a interestadual (por Convênio, art. 155, §2º, VI, CF/88), então, nesse caso, não se fala em DIFAL porque a diferença das alíquotas não teria nada a recolher a favor do Estado de destino.