Alíquota de ISS - Guia de Recolhimento

Prezados, uma ótima tarde.

Estou com uma nota de serviço prestado na qual houve incidência de ISS, a empresa prestadora de serviço é do município de Indaiatuba e não possui cadastro aqui na prefeitura de São Paulo.

Acontece que a alíquota deste serviço é de 2% no seu município, e aqui em São Paulo o mesmo serviço tem a alíquota de 5%.

O pagamento da nota foi feito no valor liquido de 2% de ISS.
acontece que a empresa tomadora está com o  CCM cancelado, e irei gerar a Guia de Recolhimento avulsa, qual alíquota eu terei que utilizar? alíquota que está na descrição da nota (2%), ou de acordo com a tabela de ISS do município de São Paulo (5%).

Funciona assim:
2% para Indaiatuba como serviço prestado, ponto final, isso é devido.
Em São Paulo para não haver a tributação de 5%, é necessário fazer um cadastro e aí sim ficaria isento deste tributo de 5%.
Se não foi feito, haverá bi-tributação tanto em Indaiatuba como em SP.
Se o serviço prestado estiver nas "retenções", o ISS é devido no local do serviço.