A obrigatoriedade é do destinatário nos termos da cláusula terceira, parágrafo sétimo, Ajuste Sinief 21/2010:
"Cláusula terceira O MDF-e deverá ser emitido:
...
§ 7º Na hipótese estabelecida no inciso II desta Cláusula, a obrigatoriedade de emissão do MDF-e é do destinatário quando ele é o
responsável pelo transporte e está credenciado a emitir NF-e".
Eduardo, você disse que o destinatário é obrigado pelo transporte, MAS NÃO DISSE SE ELE ESTÁ CREDENCIADO A EMITIR DOCUMENTOS ELETRONICOS. Assim, caso o destinatário não seja obrigado a emitir documentos eletrônicos a responsabilidade do MDF-e continua do emitente da NF-e, caso o destinatário tenha credenciamento para emitir doc. eletrônicos, então, a responsabilidade é do DESTINATÁRIO.
Obs. Estamos discutindo essa responsabilidade porque não existe um transportadora envolvida que emita CT-e, porque se tivesse, a responsabilidade do MDF-e seria da transportadora conforme cláusula terceira, I, ajuste 21/2010.
Em síntese: caso o destinatário emita doc. eletrônicos a responsabilidade do MDF-e é do destinatário, conforme cláusula terceira, §7º, ajuste 21/2010.