ISS guia de pagamento

Bom dia amigos, preciso de uma ajuda.

Eu gostaria de saber por que eu emito as notas de serviço para um mesmo CNPJ (empresa) em determinados meses desse ano, porém o valor do ISS só está sendo gerado a guia de pagamento em alguns desses meses???
Ao meu ver ou teria que ser cobrado em todos os meses que há emissão da nota, ou nunca deveria ser cobrado, gostaria que essa questao seja esclarecida por gentileza, pois eu não estou entendendo qual o critério de cobrança do ISS. 

Para responder essa questão com certeza, é necessário informar, o município do tomador, a atividade, o regime tributário, o município do prestador. É sempre o mesmo tomador para esta situação?
As regras para geração do ISS são muito variáveis,