Reconhecimento de Receita

Olá meus nobres colegas de profissão!

Me surgiu uma duvida neste dia:
Tenha um cliente que possui alvará apenas aqui na cidade sede, é um clinica médica, a empresa é uma eireli.
Porém, esse cliente presta serviços em outras cidades.

Em qual cidade deve ser emitida as notas de prestação de serviço, quando se trata dessas outras cidades?
Emito essas notas no sistema do Município sede? Ou preciso emitir a nota fiscal no sistema do Município o qual esta sendo prestado o serviço? 

As notas devem ser emitidas pela Inscrição Municipal da cidade que está estabelecida.
O código de serviço que será determinante para o recolhimento aos cofres públicos do município de direito.
A atividade em clínica médica não sofre retenção de ISS, exceto na substituição tributária.
Portanto, o ISS é devido sobre o faturamento do mês na cidade da Insc. Municipal.

Obrigado pela sua contribuição Telma!

No meu entendimento, o prestador do serviço deveria ter uma inscrição municipal em todas a cidades que ele atende, assim também como o alvará de funcionamento. Até porque ele tem um local para fazer o atendimento, desta forma, emitirá a nota fiscal no município o qual esta sendo prestado o serviço de fato.
Porém, entretanto, todavia... Ele só possui inscrição em sua sede.