NF-E DE REENTRADA: EMISSÃO PELO PRÓPRIO EMITENTE

Emitimos uma nota de remessa para conserto para um fornecedor localizado no Estado de MG porém, o documento foi emitido pela filial de Manaus AM e não pela correta que também está localizada no Estado de MG. O fornecedor, por sua vez, emitiu o retorno do conserto para a filial de Manaus AM. Como os itens pertencem à unidade de MG, precisamos regularizar a operação. Gostaria de saber se seria possível uma reentrada pela filial de Manaus AM (emitida pela própria empresa) anulando a nota de remessa e emitindo uma nova nota pela filial correta, visto que, o fornecedor também irá cancelar a nota de retorno e retornará os itens para a filial correta.

Poder vc pode, entretanto, está com o procedimento incorreto sujeito à autuação.
Explico:
Em operações interestaduais não ocorre a isenção do ICMS como nas operações internas, ou seja, dentro do Estado.
Eu entendo que vc quer solucionar o problema agora...

As remessas para conserto não tem ICMS, aqui no Ceará, dentro do Estado é diferido o ICMS; e nas operações interestaduais é suspenso o ICMS.
2) No Estado de Minas Gerais é suspenso o ICMS (tanto dentro do Estado como para outro Estado), item 1 do anexo III, RICMS/MG.

3) No Estado do Amazonas, também é suspenso o ICMS, conforme artigo 11, IV, RICMS/AM:

"Art. 11. Fica suspensa a exigência do imposto na operação em que ocorrer:
...
IV – a saída de produto ou bem destinado a conserto ou reparo, desde que retorne ao estabelecimento de origem nos seguintes prazos, contados da data da respectiva saída:
a)     dentro do Estado: sessenta dias; 
b) fora do Estado: cento e oitenta dias.
...".

Obs. Diante disso, ausência de ICMS nessas operações, e como a mercadoria não circulou (já que não saiu do Amazonas), é possível essa nota fiscal de entrada pela filial do Amazonas apenas para estornar a saída que não existiu.
Feito isso, a filial de Minas Gerais emite a nota fiscal com suspensão do ICMS CONFORME ITEM 1 DO ANEXO III DO RICMS/MG.