Como você já começou a se apropriar do crédito fiscal presumido, então, ficou faltando apenas o registro e a comunicação ao Fisco.
Como não tem ainda início de fiscalização específico (por parte do Fisco) sobre a questão você poderá utilizar o benefício da denúncia espontânea, artigo 138 do CTN:
"Art. 138. A responsabilidade é excluída pela denúncia espontânea da infração, acompanhada, se for o caso, do pagamento do tributo devido e dos juros de mora, ou do depósito da importância arbitrada pela autoridade administrativa, quando o montante do tributo dependa de apuração.
Parágrafo único. Não se considera espontânea a denúncia apresentada após o início de qualquer procedimento administrativo ou medida de fiscalização, relacionados com a infração".
Diante disso, informe (talvez no SIARE), que conforme artigo 138 do CTN e artigos do RPTA (Regulamento do Processo, possivelmente artigos 67, I, art. 68, §3º, I, art. 70, §4º) que está autorregularizando já que não houve o registro no RUDFTO - Termo de Ocorrência - e que por meio desta está informando espontaneamente. Informe que não existe nenhum procedimento administrativo por parte do Fisco e como tal tem o direito de informar e regularizar extemporaneamente já que não houve nenhum prejuízo ao Fisco, assim, não tem nenhum crédito tributário a pagar.
Pronto, somente isso! e continue a se apropriar normalmente do crédito presumido.
Entendo assim!