Empresa no simples tem que pagar issqn separado?

Bom dia meus amigos, estou com uma empresa que em 2018 estava no simples nacional e foram pagos todos os impostos, essa empresa fica em duque de Caxias, e olhando no serviço da web da prefeitura de duque de Caxias apareceu a pendência de janeiro a dezembro de 2018 cobrando o issqn de prestação de serviço separado, minha dúvida é que a empresa nesse período está no simples nacional e as guias do simples nacional já vem cobrando o iss mais fiquei na dúvida pois o iss é 5% e esse valor de 5%  é o que está sendo cobrado por fora mas que calor baixo é esse que aparece na guia do simples nacional, alguém pode me ajudar? Obrigado a todos.

Bom Dia,
Aqui (goias)  funciona da seguinte forma o ISS e calculado diretamente na guia do DAS da forma que você explicou acima, agora quando o ISS é retido ou seja quando e por conta do tomador do serviço (serviço prestado fora do municipio do prestador)  ai sim e pago em guia separada.

Entendi meu amigo, mas todos os serviços foram prestado dentro do mesmo município essa é minha dúvida.

Bom dia Wagner, pode ser falta de informação no sistema da Prefeitura.
Pega o relatorio dos ultimos 12 meses de DAS pagos pela empresa, e va ate o setor responsavel, e pergunta pra eles sobre esse valor cobrado...
Diz que voce precisa de esclarecimentos para conversar com o dono da empresa.

Entendi, obrigado meus amigos, vou fazer isso agora mesmo, pois realmente o dono da empresa quer explicações, um bom dia a todos.