VENDAS ENTRE FILIAIS PROCEDIMENTOS

Boa Tarde.

Tenho um cliente aqui no ES, que estava adquirindo mercadorias do fornecedor que é uma filial 01 do RJ, porem ele ao efetuar uma nova compra de mercadorias a filial 03 que fica sediada em MG efetuou a venda, porem a mercadoria continuará saindo da filial 01 que é do RJ. Diante do exposto qual seria o procedimento a ser adotado nessa operação??

Att. 

Matriz = ES
Filial 1 = RJ
Filial 3 = MG
Entendi que a matriz compra das filiais e revende.
A mercadoria deve sair de onde foi emitida a NF.
Não emita NF de uma filial que na verdade a mercadoria se encontra na matriz.
As maiores autuações estão nas rodovias.
Se não entendi direito, reformule.