A Procuradoria do Estado protestou porque é uma forma de forçar o pagamento, ou seja, com o protesto você fica com o nome protestado, ou nome sujo (serasa, etc).
Vá ao cartório e peça uma certidão do protesto, diante disso, procure a Procuradoria do Estado a fim de contestar o crédito tributário exigido que está na dívida ativa. Como você disse que pagou as multas e os juros, então, não tem problemas porque o crédito tributário em dívida ativa pode ser resolvido conforme parágrafo único do artigo 204 do CTN, ou seja, se você demonstrar que pagou, então, seu nome deverá ser retirado da dívida ativa.
Uma vez retirado da dívida ativa peça a certidão negativa de débitos e procure o cartório para cancelar o protesto!
Veja o parágrafo único do artigo 204 do CTN que respalda, caso você tenha pago, que o crédito tributário inscrito foi um equívoco:
"Art. 204.A dívida regularmente inscrita goza da presunção de certeza e liquidez e tem o efeito de prova pré-constituída.
Parágrafo único. A presunção a que se refere este artigo é relativa e pode ser ilidida por prova inequívoca, a cargo do sujeito passivo ou do terceiro a que aproveite".