Diferencial de Alíquota

Bom dia!

Uma MEI localizada no estado de SP, compra (pão de queijo NCM 19012000) de um fornecedor de MG;
  Valor da Nota Fiscal R$ 1.000,00
  Valor da base de cálculo do ICMS R$ 388,90
  Valor do ICMS R$ 46,67
  CFOP 6101 
  Alíquota 12%

Minha dúvida é, eu devo recolher o DIFAL sobre o valor total da nota (1.000 x 6% = 60 reais)
Ou devo recolher sobre a base de cálculo (388,90 x 6% = 23,34)
Desde já agradeço!

Conforme artigo 2º, XVI, combinado com o §6º, RICMS/SP, a diferença de alíquota é pela base de cálculo do ICMS (A resposta à consulta nº 5.038/2015 também afirma que a diferença de alíquota do MEI é pela base de cálculo e não pelo valor da operação, também, o artigo 115, XV-A, 'a' do RICMS/SP afirma que a diferença é pela base de cálculo):

"§ 6° - Na hipótese do inciso XVI, o valor do imposto devido será calculado mediante a multiplicação do percentual correspondente à diferença entre a alíquota interna e a interestadual PELA BASE DE CÁLCULO, quando a alíquota interestadual for inferior à interna".

Obs. Esses produtos, em São Paulo, tem redução de base de cálculo, conforme artigo 39, XII, DO ANEXO II, RICMS/SP.