1) Abri uma SCP (Sociedade por Conta de Participação).
RESP. Correto, um tipo de sociedade previsto no Código Civil.
2) O cliente precisa emitir uma NF.
RESP. Correto, uma obrigação acessória exigida pelos Fiscos.
3) Minha dúvida é: ele emiti a NF pela empresa normal, ou pela SCP?
RESP. Pela empresa normal, no caso, deve estar no nome do sócio ostensivo, esse sim, é quem representa a sociedade e atua junto a terceiros, ver artigo 991 do Código Civil.
Quem emite NF é a pessoa inscrita no Fisco, portanto, SCP não tem nada a ver com isso (SCP é entre os sócios: participante e ostensivo).
4) Se for emitir pela SCP, como faz? A empresa não tem Inscrição no município
RESP. SCP não emite nada!
SCP é uma sociedade e não tem personalidade jurídica. A SCP não se registra na Junta Comercial e nem mesmo nos cartórios. É uma sociedade totalmente informal nos termos dos artigos 992 e 993 do Código Civil.
Deve-se lembrar que o sócio participante e o sócio ostensivo dessa sociedade precisam ser informados na declaração do imposto de renda na fonte, conforme artigo 12, IX, da Instrução Normativa da Receita Federal nº 1.757/2017.