Eduarda, é isso mesmo, conforme artigo 18, §4º-A, I, LC 123/2006, com relação a essas mercadorias, você deverá quando da apuração no simples nacional segregar as receitas das vendas dessas mercadorias:
"Art. 18.
...
§ 4o-A. O contribuinte deverá segregar, também, as receitas:
I - decorrentes de operações ou prestações sujeitas à tributação concentrada em uma única etapa (monofásica), bem como, em relação ao ICMS, que o imposto já tenha sido recolhido por substituto tributário ou por antecipação tributária com encerramento de tributação;
...".
2) O CFOP na entrada depende do CFOP indicada na NF-e do fornecedor, Na saída você emite a NF-e com o CFOP 5.405 (substituída, já que foi retido anteriormente como você está dizendo).