Laercio,
primeiro o dapi delas não pode ser centralizado? Não, O contribuinte deverá entregar a DAPI, modelo 1 (DAPI 1) em relação a cada estabelecimento.
Segunda dúvida a filial vende com ECF somente para consumidor final os biquini se eu considerar 18% de ICMS de débito como ela não compra nada a matriz transfere para ela os biquini ela vai pagar muito ICMS. Isto está correto, ela não tem redução de icms pois vende para o consumidor final?
O fato de ser vendido para consumidor final não gera nenhuma redução no ICMS, o que você deve verificar é se para o os produtos vendidos há alguma redução na base ou outro benefício fiscal.
Com relação saldo a pagar pela filial, existe a possibilidade de transferência de créditos entre estabelecimentos da mesma titularidade, dessa forma, o saldo credor apurado na matriz pode ser transferido para a filial afim de abater o saldo devedor. As regras para essas transferências estão dispostas no artigo 65 do RICMS/MG.