Verônica, essa saída é normal como outra qualquer, você fez um acordo com o fornecedor dos insumos e quando produzir irá dar uma saída das mercadorias (soja), então.emita a nota fiscal com diferimento do ICMS, conforme artigo 350, II, RICMS/SP. Na falta de um CFOP específico, então, emita a nota fiscal com o CFOP 5.949.
Obs. Caso seja credenciada no Sistema e-CredRural deverá emitir a NF-e conforme artigo 8º da Portaria CAT 153/2011:
"Artigo 8º - Salvo disposição em contrário, em relação ao estabelecimento credenciado no Sistema e-CredRural, o contribuinte
deverá emitir Nota Fiscal Eletrônica - NF-e, modelo 55, em substituição à Nota Fiscal de Produtor, modelo 4, relativamente a todas operações que praticar".