Como o serviço de transporte está sendo iniciado em Mato Grosso, então, a legislação a ser aplicada é a do Estado do Mato Grosso. Esse ICMS pertence ao Estado do Mato Grosso porque o serviço está iniciando naquele Estado!
2) Quando você fala em DIFAL de serviço de transporte é porque o destinatário em Rondônia é uma pessoa física ou jurídica não contribuinte? (você está se referindo a esse ICMS do Convênio 93/2015?).
Este ICMS DIFAL, pertencente a Rondônia, caso seja este, então, sim, a legislação a ser aplicada é a de Rondônia porque esse DIFAL pertence a Rondônia.
Obs. Caso tenha sido o fornecedor que contratou o serviço de transporte, então, não se fala em DIFAL!
Obs. 2. Esse artigo 255, §3º, está revogado, e ele não diz respeito ao ICMS DIFAL, mas sim ao ICMS normal da transportadora que subcontratou. Contudo, como dito no item 1 acima, esse ICMS pertence ao Estado do Mato Grosso, logo, é a legislação daquele Estado que deverá ser observada. Atualmente, essa mesma redação do art. 255, §3º (revogado) consta no art. 40, §2º, ANEXO III, novo RICMS/RO.
Obs. 3) No mais, como o serviço de transporte está iniciando em Estado diferente da empresa contratante, essa regra citada do art. 255, 3º (revogado), responsabilidade da contratante, não vale, conforme cláusula primeira do Convênio 25/90:
"Cláusula primeira Na hipótese de subcontratação de prestação de serviço de transporte de carga, fica atribuída a responsabilidade pelo pagamento do imposto devido à empresa transportadora contratante, DESDE QUE INSCRITA no cadastro de contribuintes do Estado de início da prestação".