Conhecimento de Transporte

Boa Tarde,
Trabalho em uma empresa com várias filiais dentro  do estado do rio e fora. Minha duvida é o seguinte: a transportadora de valores vai fazer uma entrega e 3 lojas minha dentro de um município, ele emite apenas um CTe, em um cnpj que ele escolhe.Pode isso ou ele precisa emitir um para cada CNPJ , mesmo sendo filial?
 se sim ou não, se tem o embasamento.

A análise deve ser feita com mais "olhar técnico".
É possível centralizar a apuração do ICMS, mas para isso cada filial deve apurar no mês e depois transferir o saldo credor ou devedor.
Se existem várias filiais, não deve ser escolhida a esmo e sim aquela que fará pagar menos ICMS no final da apuração.
Mas, também é necessário levar em consideração a logística, pois o fato gerador do ICMS é a circulação da mercadoria que deve fazer sentido em relação ao cliente.

Publicada a Portaria CAT 121, de 29/11/2013, que disciplina a emissão de um único Conhecimento de Transporte Eletrônico de Cargas - CT-e, por veículo e por viagem, nos serviços de transportes prestados para um único tomador, envolvendo vários remetentes ou destinatários.

Então me da margem de fazer os dois processos ne?

Sim, dá a margem de vc optar pelo melhor no âmbito do planejamento tributário, desde que esteja de acordo com o RICMS/SP.

Obrigado!