Juliana, esse diferencial de alíquota é via recolhimentos especiais, conforme artigo 115, XV-A, RICMS/SP.
Agora, com relação a outros pagamentos (contribuintes que apuram o ICMS) no artigo 117, §3º, RICMS/SP, temos o seguinte:
"§ 3º - Em havendo devolução da mercadoria, o imposto debitado na forma do inciso II será lançado como crédito no quadro "Crédito do Imposto - Estornos de Débitos", do livro Registro de Apuração do ICMS, com a expressão "§ 3º do Art. 117 do RICMS".
Claramente a legislação está dizendo que nessa situação de devolução não quer o ICMS, portanto, entendo, que pelo princípio da isonomia tributária deverá tentar o pedido da restituição desse ICMS.
Estou usando o termo tentar porque existe um entendimento nos Fiscos Estaduais de que a restituição somente é devida caso tenha pago a maior ou indevidamente, assim, como não pagou a maior, tampouco indevidamente, não tem direito a restituição. No seu caso, houve o fato gerador e a operação de devolução trata-se de uma outra operação (posterior).
Seja como for, faça a tentativa nos termos da Portaria CAT 83/1991 (não se trata de restituição da Portaria CAT 147/2011).