Nota de fiscal de administradora de cartão alimentação

Bom dia,

Gostaria de tirar uma dúvida, referente a prestadora de Serviço de Alimentação.
Eles emitiram uma nota Fiscal, e colocam no campo valor total do serviço em negrito, somente a taxa administrativa e não o valor em que paguei em real.
O valor correspondente em que paguei fica somente no campo da descriminação dos serviços. 
Gostaria de saber até que ponto isso é certo ?
Pois a empresa prestadora, diz que não tem como fazer as alterações, e realizou uma atualização junto com a prefeitura. 
Como posso escriturar isso? 
Poderia por favor me ajudar!
Obrigada.

Thais, boa tarde!

Qual  código da nota emitida? 

Se realmente ele faz só a intermediação do serviço, a nota pode estar correta, tendo em vista diversos municípios estão autorizando os contribuintes a seguirem essa forma de emissão, visando que a incidência do ISS ocorre apenas sobre o valor do serviço prestado e não incide sobre o valor recebido a título de repasse para o cartão de seus funcionários. A forma mais rápida de ter certeza é entrar em contato com o município pelo qual seu prestador está emitindo as notas.

A escrituração seria normal, de uma forma simples poderia ser dessa forma:

D- alimentação dos funcionários - valor repassado aos cartões dos funcionários
D- Prestação de serviços PJ - Valor cobrado na intermediação
C- Contas a pagar