Você é um prestador de serviços. Adquire mercadorias de terceiros pra esse fim. Recebe encomendas para prestar um serviço e utiliza essas mercadorias na prestação do serviço. Aqui, podemos dizer, é uma industrialização por encomenda!
O entendimento, nesses casos (doutrina e jurisprudência), é que se o produto fabricado for para uso final, então, incide ISS; do contrário, o produto for para industrialização ou comercialização, então, incide ICMS normalmente.
Para os Fiscos, quando o fabricante adquire os produtos e entrega um produto sob encomenda, então, é ICMS e acabou (é uma fabricação comum).
1- Tem que ser destacado tudo que foi utilizado para a execução do serviço ( material + mo de terceiros)?
RESP. Sim, emita a NF-e com todos os custos embutidos e tribute com ICMS normalmente (claro, se ó produto não for isento, tiver incidência do ICMS).
2- A base a ser tributada é o total da nf incorporando tanto os serviços da contratada e tudo que foi utilizado(material + mo de terceiros?
RESP. A base de cálculo é o valor da operação, conforme artigo 37, III, 'a', RICMS/SP.
ENTENDO ASSIM!