Emissão de NF: Mercadoria em outro estado, mas nota fiscal de origem de outro.

Boa tarde.  
Tenho a seguinte situação. 
A mercadoria seguiu para consumidor final em Minas Gerais, que  dias depois desistiu da compra.  Posso direcioná-la a um cliente em São Paulo. No entanto, minha dúvida é que se posso contratar um serviço de transporte para levar essa mercadoria de MG para SP,  já que a única nota que eu posso emitir  terá como origem da mercadoria Pernambuco. 

Você pode sim contratar a transportadora de MG para SP sem problemas.
A questão é você emitir as notas de acordo que atenda a legislação.
Minha sugestão é a seguinte:
Peça nota de devolução de MG para PE (apenas documental, a mercadoria não circulará);
Emita a nota de venda de PE para SP;
Envie uma cópia desta NF à transportadora;
Envie uma nota de remessa de PE à SP com destaque de ICMS para acompanhar a nota fiscal de venda com a transportadora;

Boa noite.  Desta forma  atende a legislação, já que , o transporte se iniciará em Minas Gerais, UF diferente do local da minha empresa?

Olá Luciano,

Se vc seguir à risca o que escrevi, estará de acordo com a legislação.

Abç