Bom dia Paulo Alberto !
Antes de tudo, precisamos ver o que a legislação nos orienta neste caso:
Artigo 63 - Poderá, ainda, o contribuinte creditar-se independentemente de autorização (Lei 6.374/89, arts. 38, § 4º, 39 e 44, e Convênio ICMS-4/97, cláusula primeira):
IX - do valor do imposto relativo às mercadorias existentes no estoque, no caso de enquadramento no Regime Periódico de Apuração - RPA após exclusão do Regime Especial Unificado de Arrecadação de Tributos e Contribuições devidos pelas Microempresas e Empresas de Pequeno Porte - Simples Nacional. (Inciso acrescentado pelo Decreto 53.356, de 26-08-2008; DOE 27-08-2008; Efeitos desde 1º de julho de 2007)
XI - do valor do imposto indicado no campo "Informações Complementares" ou no corpo da Nota Fiscal relativa à mercadoria adquirida de contribuinte sujeito às normas do Regime Especial Unificado de Arrecadação de Tributos e Contribuições devidos pelas Microempresas e Empresas de Pequeno Porte - "Simples Nacional", desde que a mercadoria seja destinada à industrialização ou à comercialização, observado o disposto nos §§ 7º e 8º (Lei Complementar federal 123/06, art. 23, §§ 1º e 2º). (Inciso acrescentado pelo Decreto 54.136, de 17-03-2009; DOE 18-03-2009; Efeitos para os fatos geradores ocorridos a partir de 1° de janeiro de 2009)
§ 6º - Na hipótese do inciso IX: (Parágrafo acrescentado pelo Decreto 53.356, de 26-08-2008; DOE 27-08-2008; Efeitos desde 1º de julho de 2007)
1 - o direito ao crédito restringe-se às mercadorias:
a) existentes no estoque inicial do dia a partir do qual o contribuinte estiver enquadrado no Regime Periódico de Apuração - RPA;
b) recebidas de contribuintes enquadrados no Regime Periódico de Apuração - RPA, desde que a operação subseqüente seja tributada ou, não o sendo, haja expressa previsão legal de manutenção do crédito;
2 - o direito ao crédito fica condicionado ao levantamento do estoque de mercadorias existente no dia imediatamente anterior ao da exclusão do Simples Nacional, mediante escrituração do livro Registro de Inventário, modelo 7, na forma do artigo 221, desde a data da entrada das referidas mercadorias no estoque;
3 - o valor do crédito será apurado com base nos documentos fiscais relativos às entradas das mercadorias no estabelecimento, observado o critério contábil PEPS - primeiro que entra, primeiro que sai.
§ 7º - Na hipótese do inciso XI: (Parágrafo acrescentado pelo Decreto 54.136, de 17-03-2009; DOE 18-03-2009; Efeitos para os fatos geradores ocorridos a partir de 1° de janeiro de 2009)
1 - o valor do crédito fica limitado ao valor do imposto efetivamente devido pelo remetente sujeito às normas do Simples Nacional em relação à respectiva operação;
2 - a alíquota aplicável ao cálculo do crédito:
a) deverá estar informada no campo "Informações Complementares" ou no corpo da Nota Fiscal relativa à entrada da mercadoria;
b) corresponderá ao percentual do imposto previsto na legislação federal que disciplina o Simples Nacional para a faixa de receita bruta a que o remetente estiver enquadrado.
§ 8º - O contribuinte não terá direito ao crédito do imposto referido no inciso XI na hipótese de (Lei Complementar federal 123/06, art. 23, § 4º): (Parágrafo acrescentado pelo Decreto 54.136, de 17-03-2009; DOE 18-03-2009; Efeitos para os fatos geradores ocorridos a partir de 1° de janeiro de 2009)
1 - o remetente:
a) estar sujeito à tributação no Simples Nacional por valores fixos mensais;
b) não informar o valor do crédito do imposto e a alíquota a que se refere o item 2 do § 7º na Nota Fiscal relativa à saída da mercadoria;
c) optar pela incidência da alíquota a que se refere o item 2 do § 7º sobre a receita recebida no mês;
2 - haver isenção para a faixa de receita bruta na qual o remetente estiver enquadrado no mês em que ocorrer a operação;
3 - a operação ou prestação estiver amparada por imunidade ou não-incidência.
Baseado no artigo,que não informa no caso da aquisição de fora do Estado em que voce recolheu o diferencial de aliquotas, entendo que possa se creditar da aliquota constante no documento fiscal, sendo o recolhimento indiferente, pois voce cumpria a equalização das aliquotas , baseada na exigencia da portaria cat 75/2008 ,das empresas no Simples Nacional.
Abraços!!