Boa noite!
Acredito que uma vez emitido por sistema eletrônico não haverá correção no arquivo mas há a possibilidade de realizar uma denuncia espontânea onde a SEFAZ SP irá passar as orientações e prazos para regularização.
Abaixo link com procedimentos:
https://portal.fazenda.sp.gov.br/servicos/sat/Paginas/Guia-Core%C3%A7%C3%A3o-CFe.aspx
Procedimentos
1) Orienta-se o contribuinte, ao abrigo do disposto no artigo 529 do RICMS/2000 (denúncia espontânea), a dirigir-se ao Posto Fiscal ao qual está vinculado o seu estabelecimento para que esse examine a situação de fato e o oriente a respeito do procedimento adequado (e prazo) para regularizar sua situação.
2) Caso o dado informado incorretamente seja somente “alíquota a maior” e o CF-e já tenha sido escriturado e o imposto correspondente pago, orienta-se o contribuinte a aplicar às disposições do caput e do inciso VII do art. 63 do RICMS/2000, ou da PCAT 83/91, conforme o caso. Nesta hipótese são dispensadas as obrigações previstas no § 4º do artigo 63 do RICMS/2000 e no § 2º do art. 1° da PCAT 83/91 (Ref.: Resposta de Consulta Tributária RC-e 5130M1/2015).
Denúncia Espontânea
O contribuinte que procurar a repartição fiscal, antes de qualquer procedimento do Fisco, para sanar irregularidade relacionada com o cumprimento de obrigação pertinente ao imposto, ficará a salvo das penalidades previstas no art. 527 do RICMS-SP/2000, desde que a irregularidade seja sanada no prazo cominado.
Assim, a denúncia só produzirá efeitos se não houver nenhum procedimento administrativo ou medida fiscalizatória em curso relacionados à infração no estabelecimento interessado.
Considera-se iniciado o procedimento fiscal, entre outros:
Com a notificação, intimação, lavratura de termo de início de fiscalização ou de auto de infração;
Com a lavratura de termo de apreensão de mercadoria, documento ou livro ou de notificação para sua apresentação.O início do procedimento alcança todo aquele que esteja envolvido na infração apurada pela ação fiscal.
IMPORTANTE: Vale lembrar que, independente da incorreção no documento, o recolhimento dos tributos deve ter sido feito de maneira correta pois é inevitável nesse tipo de procedimento que o fisco exija documentos auxiliares como livros fiscais entradas, saídas, ICMS, etc.
Atenciosamente,