Boa tarde, apesar de você ter realizado o cumprimento da obrigação principal (declarou e recolheu o imposto devido), você não cumpriu uma obrigação acessória que é a emissão das notas fiscais. Nesse caso se for apenas um mês e ainda tiver tempo hábil, sugiro emitir as notas fiscais com a data retroativa e enviar para eles, caso tenha sido vários e vários meses ou até anos, eu sugiro que entre em contato com o fiscal responsável pela fiscalização e explique a situação, sendo realista, ele vai te orientar como melhor proceder, não sendo possível entrar em contato com o auditor fiscal para ele te orientar, eu sugiro, para que o fisco saiba que você não agiu de má fé e está se regularizando, que realize uma denúncia espontânea e dê entrada na secretaria de tributação do seu estado, informando da não emissão das notas fiscais durante determinado período porém com o pagamento devido do imposto, não causando dano ao erário (se possível entre em contato com um advogado tributarista). Caso seja referente a vários anos realmente e não consiga entrar em contato com eles nem queira realizar a denúncia espontânea, ou seja, na pior das hipóteses, sugiro emitir todas as notas fiscais retroativas (já que o imposto já está pago) e apresentar ao fisco.