Olá,
Vocês devem criar novo produto no sistema com a nova forma de tributação e começar a utilizá-lo assim que entrar em vigencia a referida tributação. O estoque continua sendo tributado pela forma antiga, até que acabe ele e começe a tributar tudo pela nova tributação. E para que não haja falha no controle dos produtos tributados pela legislação anterior ou atual é recomenado criar um novo cadastro para o produto. Contudo, vale ressaltar que cada Unidade Federativa tem autonomia para escolher a forma de escrituração fiscal. Dito isso, ressalto a importancia de entrar em contato com a Sefaz para verificar qual o entendimento e tratativa deles para esse assunto. Pois eles podem solicitar que seja tributado tudo pela legislação atual e que faça o estorno do valor indevido em um código específico, indicado por eles.
Espero que seja útil e que não gere mais dúvidas...
Abraço.