Imposto na compra interestadual

Uma empresa no ramo de alimentos compra mercadorias em São Paulo e traz para Mato Grosso do sul, porem o estado de Mato Grosso do Sul esta cobrando um imposto onde adiciona um valor agregado e uma alíquota de 10%. Quando a empresa revende a mercadoria paga mais o equalizador na venda interna da mercadoria, algumas delas se enquadram como substituição tributaria mas outras são enquadradas como dito anteriormente.
Alguém já viu esta situação e conseguiu rever esse imposto na entrada da Mercadoria? Alguma alternativa?