RECOMPOSIÇÃO DE ALÍQUOTA CTE ( FRETE )

Ola pessoal,

Estou com uma duvida sobre a recomposição de alíquota, Um empresa X do Estado de MG (18% ) compra mercadoria da Empresa Z do Estado de São Paulo (12) e pagar o CTE para trazer a mercadoria, nesse casso haverá que fazer o diferencial de alíquota para o CTE também o apenas para mercadoria ? as opções do frete usados são CIF e FOB.  

Desde já muito obrigado.