A empresa vende os produtos e não contrata transportadora (pois se contratasse a própria transportadora emitiria o MDF-e e a obrigação não seria da empresa vendedora - cláusula terceira, I, Ajuste Sinief nº 21/2010).
O que ocorre, pelo relato, a empresa vende e entrega as mercadorias com o seu próprio veículo. logo, emita o MDF-e conforme cláusula terceira, II, Ajuste Sinief nº 21/2010:
"Cláusula terceira O MDF-e deverá ser emitido:
...
II - pelo contribuinte emitente de NF-e de que trata o Ajuste SINIEF 07/05, de 30 de setembro de 2005, no transporte de bens ou mercadorias realizado em veículos próprios ou arrendados, ou mediante contratação de transportador autônomo de cargas.
...".