CT-e tomador do serviço errado (CT-e antigo)

Boa noite, pessoal.

Como proceder na seguinte situação?

Erroneamente nós colocamos na nota fiscal de venda que o frete seria pago pelo nosso cliente, dessa forma a transportadora emitiu um CT-e cujo tomador do serviço é o meu cliente, entretanto nós que devíamos pagar esse frete. Como proceder nesse caso? 
O CT-e foi emitido dia 23/04/2020.
O meu cliente deveria manifestar "desconhecimento da operação junto a Sefaz" ou ele deveria emitir "evento de prestação de serviço em desacordo"? Qual dos dois seria adequado para a situação? Os dois podem ser usados diante de todo esse tempo de emissão do CT-e? Estamos em junho. 

Rafael,

Para troca de tomador, o correto é seu cliente realizar o evento de "prestação de serviço em desacordo com o informado no CT-e.". Após a realização deste evento, o transportador poderá emitir novo CT-e contra sua empresa, anulando o frete anterior.
A previsão do prazo máximo para essa manifestação é de até 45 dias após o protocolo de uso do CT-e (atualmente estamos em 47)

Infelizmente para essa manifestação, não há softwares 100% gratuitos, mas alguns deles lhe garante um período de teste e talvez possa recomendar ao seu cliente, caso o mesmo não possua software que realize esse serviço.