Bom dia Leticia,
Como não foi citado o estado em si, vou partir do princípio de onde esteja de acordo com o seu perfil.
O artigo 115, inciso XV-A, alínea "a" do RICMS/SP cita que a diferença entre as alíquotas ocorrerá sob a base de cálculo informada pelo remetente, desde que aquela adotada no âmbito interestadual seja inferior a interna. No tocante o artigo 37, § 1º do mesmo regulamento discorre as condições de utilização da base de cálculo (neste caso), veja os itens 1, 2 e 3:
Artigo 37 - Ressalvados os casos expressamente previstos, a base de cálculo do imposto nas hipóteses do artigo 2° é:
...
§ 1° Incluem-se na base de cálculo:
1 - seguros, juros e demais importâncias pagas, recebidas ou debitadas, descontos concedidos sob condição, bem como o valor de mercadorias dadas em bonificação
2 - frete, se cobrado em separado, relativo a transporte intramunicipal, intermunicipal ou interestadual, realizado pelo próprio remetente ou por sua conta e ordem;
3 - o montante do Imposto sobre Produtos Industrializados, salvo quando a peração, realizada entre contribuintes e relativa a produto destinado à industrialização ou à comercialização, configurar fato gerador de ambos os impostos
Entendo que o fornecedor não tenha alocado o IPI à base própria do ICMS às vistas de sua utilização, contudo o frete precisa verificar a sua condição.