Bom dia, André!
A LC 123/06 diz que as operações desacobertadas de documentos fiscais não se beneficiam do regime unificado de recolhimento no tocante ao ICMS, de modo que, quanto a esse imposto, deveriam ser tributadas pelo regime normal de débito/crédito. Isso vale para casos em que já há início de ação fiscal. Nas situações envolvendo operações com cartão de crédito não declaradas, é comum o Fisco Estadual adotar o procedimento de autorregularização, que não caracteriza início de ação fiscal e, assim, permite a denúncia espontânea. Mas alguns estados exigem, para tanto, que a apuração do ICMS seja feita fora do Simples Nacional. Em MG, por exemplo, ainda que admita que o contribuinte faça a autodenúncia e parcele o débito, o Fisco exige que a apuração seja feita com aplicação da alíquota de 18% sobre a diferença omitida, sem abatimento de crédito.
Esse procedimento é errado por dois motivos. O primeiro é que, enquanto não houver início de ação fiscal, o contribuinte pode realizar denúncia espontânea, caso em que se submete aos mesmos critérios de apuração do regime simplificado. O segundo é que, ainda que se admita a apuração fora do SN, o direito ao crédito nas entradas deveria ser admitido, por conta do princípio constitucional da não-cumulatividade. Se essas operações devem ser tributadas "fora", deveriam ser aplicados todos os critérios do regime normal, inclusive do direito ao crédito.
É importante se assegurar quanto ao procedimento, para evitar de criar um passivo oculto para seu cliente.