Empresa Lucro Presumido, CTe OS , transporte de passageiros através de "VAN".

Oi, minha dúvida sobre os CTe Os, meu cliente Lucro Presumido, irá transportar passageiros através de Van, quando ocorrer dentro do Município ele irá recolher ISS - 3% ?
E quando ocorrer interestadual, terá ISS ?
E outra dúvida o ICMS incidirá sobre o valor total do frete, ou tem redução da base de calculo, ou ainda desconto de despesas de viagem, como pedágio e combustível.?
Desde já agradeço.

São documentos diferentes.

CT-e OS só  pode ser usado em operações intermunicipais.

Transporte Intermunicipal é de competência do Estado, se cobra ICMS,, utiliza-se documentos definidos no Convênio de ICMS (Ct-e, CTe-OS, BP-e etc)

Transporte Municipal e de competência  do Município, se cobra ISS, e só pode utilizar nota de serviço municipal.

Vale pra carga, passageiros, ou outros serviços de transporte.