ICMS EQUALIZAÇÃO

PESSOAL, preciso de uma ajuda para entender o ICMS equalização, e o ICMS ST, por exemplo... porque uma empresa, sendo ela o substituído tributário paga guia de ICMS ST?

Certamente porque o substituto não recolheu (o responsável não recolheu), então, o contribuinte (substituído) foi obrigado a quitar o ICMS.
Obs. O substituído sempre paga pois quando o substituto retém o ICMS e fica como responsável tributário cobra na NF-e.
Imagine uma NF-e com mercadoria de R$ 100,00, o substituto sabe que terá que recolher R$ 30,00 ao Estado de destino de ICMS ST, ora, irá exigir do contribuinte substituído R$ 130,00 (como visto, o substituído sempre paga).
O substituto soma o valor da mercadoria com o valor do ICMS ST retido e cobra do destinatário.
Quando o substituto não faz isso, todos os Estados de destino cobram do substituído.
Aqui no Ceará temos previsão em mais de um dispositivo no Regulamento do ICMS!
Por exemplo, art. 431, §3º:
"§ 3º Além de outras hipóteses previstas na legislação, a substituição tributária não exclui a responsabilidade do contribuinte substituído, quando o documento fiscal próprio não indicar o valor do ICMS objeto da substituição, ou quando o imposto não houver sido retido".