Quando o frete é cláusula FOB o fornecedor não pode reter o ICMS ST junto a mercadoria porque está impossibilitado da retenção (nem mesmo sabe o valor do serviço de transporte, pois quem contratou a transportadora foi o destinatário). É isso que está posto na cláusula décima primeira, parágrafo segundo, Convênio ICMS nº 142/2018:
"§ 2º Na impossibilidade de inclusão do valor do frete, seguro ou outro encargo na composição da base de cálculo, o recolhimento do imposto correspondente a essas parcelas será efetuado pelo estabelecimento destinatário, acrescido dos percentuais de MVA, observado o inciso III do caput desta cláusula".
A responsabilidade do ICMS ST, do valor do serviço de transporte, tem que ser recolhido pelo destinatário e o cálculo segue a mesma lógica da mercadoria, ou seja, VALOR DO FRETE + AGREGADO - CRÉDITO DE ORIGEM.
Obs. Imagine se fosse CIF, nesse caso, o fornecedor iria somar o valor do serviço + mercadoria e tributar o ICMS da obrigação própria sobre o todo. No momento de dedução, é fácil perceber, seria deduzido o valor do ICMS frete. Então, por qual razão o destinatário não iria deduzir também?