emissao de notas fiscais de venda e prestação de serviços

boa tarde, estou legalizando uma drogaria onde na sua atividade inicial era só comercio, agora incluiu a prestação de serviços, firma estabelecida no Munícipio do Rio de Janeiro, é uma filial a matriz é São Paulo, pergunto como legalizo a emissão de Notas de serviço?, posso emitir no mesmo programa as duas atividades ?, desde ja agradeço a atenção dispensada.

Boa Tarde 
A Nota Fiscal de Serviço  é emitida no portal do município que a empresa funciona, sendo assim não a possibilidade  de emitir junto com as notas vendas